정부가 종합부동산세 등 부동산 보유세 부담 완화를 본격적으로 추진한다. 부득이한 이유로 주택을 여러 채 보유하게 된 사람의 종합부동산세를 유예해주는 등의 방안이다. 정부는 대통령 선거가 있는 올해 3월에 추가 세 부담 완화를 예고했다. 여야 대통령 선거 후보도 양도소득세 등 부동산 세제 개편을 주요 공약으로 내걸고 있어 올해 조세 정책에도 변화가 계속될 전망이다.

기획재정부는 6일 지난해 세법 개정에 대한 후속 시행령 개정안을 발표했다. 지난해 개정한 세법의 각종 세부 사항을 규정하는 내용을 담고 있다.

먼저 상속 주택에 대한 종부세 부담을 완화한다. 예상치 못하게 상속받은 주택에 대해서는 2~3년간 종부세 적용 주택 수에서 제외하기로 했다. 조정대상지역에서 다주택자가 되면 중과세율을 적용하는데, 이 세율 계산을 위한 주택 수에서 상속 주택은 빼주겠다는 뜻이다. 현행 공동상속 주택의 경우 지분율이 20% 이하거나 공시가격이 3억원 이하일 때만 주택 수에서 제외(단독상속 주택은 특례 없음)하는 요건은 폐지한다.

상속 주택을 주택 수에서 제외하는 기간은 주택 처분에 걸리는 시간과 상속 절차·상속세 신고기한(상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월) 등을 고려해 2년으로 정했다. 단 수도권·특별자치시·광역시 지역이 아닌 곳에선 주택 처분에 시간이 더 걸릴 것으로 보고 3년간 유예기간을 부여한다.

이번 개정은 더불어민주당의 이재명 대선 후보의 ‘투기 목적이 아닌 다주택 보유의 경우 종부세 중과에서 제외해야 한다’는 제안과 같은 맥락이다. 고향에 물려받은 집 때문에 종부세 중과 대상에 오르는 것은 불합리하다는 게 이 후보의 주장이었다.

이에 대해 기재부 김태주 세제실장은 “종부세제 보완은 여당과 전혀 상관이 없다”며 “언론과 관계부처 등에서 그동안 제기한 문제를 검토해 온 것”이라고 설명했다.

아울러 정부는 종부세 합산배제(비과세) 대상 주택에 어린이집용 주택과 시·도 등록 문화재, 주택건설사업자 등의 멸실 예정 주택 등을 포함하기로 해 세 부담을 완화하기로 했다. 사회적 기업·협동조합과 종중(宗中) 보유 주택은 종부세를 매길 때 개인과 같은 일반 누진세율을 적용해주기로 했다. 이번 개정 종부세 시행령은 올해 납세고지분부터 적용한다.

양도세 부담을 줄이는 방안도 포함했다. 기존에는 공공·민간건설 임대주택에 적용했던 양도세 보유·거주 기간 적용 제외 특례를 공공매입 임대주택에도 적용한다. 정부는 앞서 지난해 12월 세법 개정을 통해 1가구 1주택의 양도세 비과세 기준금액을 기존 9억원에서 12억원으로 올려 적용하고 있다.

정부는 오는 3월 1주택자를 대상으로 한 추가적인 보유세 완화 방안을 내놓을 예정이다. 올해 종부세를 산정할 때 지난해 공시가격을 활용하고, 현행 전년 대비 150% 이상 늘어나지 못하게 한 세 부담 상한선을 낮추는 방안을 검토하고 있다. 고령자에게는 종부세 납부 유예 제도를 도입하는 등의 방안도 검토 중이다. 이번 시행령 개정안과 달리, 세법 자체를 바꿔야 하는 사안이다. 대선의 향방과 유력 후보의 노선에 따라 정부의 정책 방향이 또 흔들릴 수 있는 상황이다.

◆ 반도체·배터리·백신 기업 세제 지원 강화

정부는 또 이번 세제 개편을 통해 기업의 ‘국가전략기술’ 육성 지원을 강화한다. 앞서 세법 개정을 통해 반도체·배터리·백신 등 3대 분야를 국가전략기술로 신설해 연구개발(R&D)과 시설투자 지원을 강화하기로 했는데, 3대 분야의 31개 시설에 대해 대기업의 경우 6%, 중견기업은 8%, 중소기업은 16%의 세액공제를 적용한다.

특히 국가전략기술 시설에서 일반 제품도 일부 생산하는 경우 ‘국가전략기술 사업화시설’로 보고 세액공제를 적용한다. 다만 기업이 시설투자를 마친 날부터 3년(과세연도 기준)까지 국가전략기술 제품 누적 생산량이 50%에 못 미칠 경우 공제세액(이자상당액 포함)을 납부하도록 했다.

일반 R&D보다 높은 세액공제율을 적용하고 있는 신성장·원천기술 R&D 세액공제에는 탄소중립 분야 기술을 추가한다. 탄소 포집·활용·저장 기술(CCUS), 수소, 신재생에너지 등 정부의 탄소중립 목표에 부합하는 기술을 포함할 방침이다.

가업상속재산의 100%를 상속 재산에서 공제(200억~500억원 한도)하는 가업상속공제 제도의 업종 변경 요건도 완화한다. 예컨대 제조업 기업 피상속인이 같은 제조업 대분류 안에서 세부 업종을 바꾸더라도 10년 이상 사업을 영위하면 가업으로 인정하기로 했다.

◆ 의료비 세액공제 확대, 주세 세율 인상

일상생활에서 체감할 수 있는 세제 개편도 있다. 이번 개편에서 정부는 미숙아·선천성 이상아·난임 시술 등에 대한 의료비 세액공제를 확대한다. 의료비는 공제율 15%를 매기는데, 미숙아 입원이나 선천성 이상 질환 치료비에는 20%, 난임 시술 비용에는 30%의 우대 공제율을 적용한다.

경차 보유자가 받을 수 있는 연료 개별소비세 환급 한도도 연 20만원에서 30만원으로 상향한다. 경차 연료 개소세 환급 제도는 경차 1대를 보유한 가구에 휘발유·경유는 L당 250원, 액화석유가스(LPG) 부탄은 개소세 전액(L당 161원)을 환급하는 제도다.

최근 높은 물가상승률을 반영해 탁주·맥주에 대한 세율도 인상한다. 맥주는 L당 20.8원 인상한 855.2원, 탁주는 L당 1원 오른 42.9원으로 조정한다. 이번 시행령 개정으로 약 2500억원의 세수가 감소할 전망이다. 정부는 앞선 세법 개정의 세수 감소까지 합하면 총 1조7500원의 세제 혜택 효과가 발생할 것으로 기대하고 있다.